Uno de los instrumentos de esa colaboración criminal entre la Colonia Dignidad y la DINA fue el archivo que el colono alemán Gerd Seewald confeccionó por instrucciones de Paul Schäfer. En la sentencia del proceso por asociación ilícita que lleva el ministro Jorge Zepeda se establece que se trata de "un archivo de antecedentes, el que incluyó la búsqueda de información, el intento de intervención de los sistemas clasificados de comunicaciones de las fuerzas armadas, el registro de personas, determinadamente de detenidos y desaparecidos por razones políticas, algunos de los cuales fueron interrogados dentro de la ex Colonia Dignidad, asignándoles apodos a los informantes, estableciendo canales para entregar la información, con diferencias en el tipo de información que se entregaba, esto es, archivos y borradores, además de crear información sobre autoridades civiles, religiosas, ex militares, militares en servicio activo y actividades profesionales de éstos.
Este archivo contiene 45.608 fichas ordenadas alfabéticamente, entre las que hay personas detenidas desaparecidas, asesinadas, ex detenidos, miembros de las fuerzas armadas y policiales, autoridades políticas, artistas, y las más diversas personalidades públicas. Algunas de ellas pueden tener varias fichas.